牙周手术后的组织愈合基本上可分为两大类，即软组织创口的愈合和骨的愈合。
软组织创口的愈合：
①牙龈切除后伤口表面立即形成保护性血凝块。数小时后血块下的结缔组织开始生长肉芽组织9～13小时后，伤口周围的上皮细胞开始移动，从血块和结缔组织之间向伤口中央移行。1～2天时，开始有小血管形成，2～5天时上皮以每天向牙面0.5mm速度生长，直到薄层上皮完全覆盖创面，但角化则需2～3周。
创面的结缔组织再生略慢于上皮，约5～7天时形成新的游离龈，此后上皮好开始向龈沟内生长，约在术后4～5周，形成新的结合上皮与牙面结合。临床上约在牙龈切除后2周，牙龈外观正常并建立正常的龈沟。龈沟液的量也在5周时恢复正常。
②翻瓣术后的愈合。翻瓣术后24小时内，龈瓣与骨面之间由血凝块连接，术后1～3天，上皮移行至龈瓣边缘并达到牙面。术后1周，上皮已可附着于牙根面，瓣下的血凝块已被来自结缔组织、骨髓腔及牙周膜的肉芽组织所替代。术后2周，胶原纤维开始形成，并与牙面平行。术后3～4周，上皮和结缔组织的重建均已完成，龈沟内正常上皮衬里，结合上皮形成，齿槽嵴顶纤维也已呈功能性排列。
③龈下洁治、根面平整、袋内壁刮除后的愈合。手术将病理性肉芽全部刮去，新生的肉芽组织在早期即形成，并且逐渐成熟而变成结缔组织。
④切除性新附着术后的组织愈合。与龈下刮治术(根面平整术)相似。
骨组织创伤的愈合：
手术后牙槽骨的愈合过程取决于手术时骨的暴露程度，是否作骨成形，术后骨面是否严密覆盖等因素。全厚瓣手术时骨面暴露，术后1～3日时骨面有表浅的坏死，随后有破骨细胞性吸收，在术后4～6天达高峰，然后逐渐减轻，导致约0.5～1mm的骨吸收。此后可有修复，在术后3～4周达高峰。在进行骨成形或术后龈瓣未能严密覆盖骨面者，骨的坏死和炎症较重，骨嵴高度降低，修复过程可长达72天。在骨膜瓣较厚时，半厚瓣的愈合过程可能比全厚瓣缩短。
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